Prova msiextract, https://live.gnome.org/msitools
E bug aperti!
Anche se non ti aiuterà immediatamente, lessmsi sta lavorando su una versione nativa di Linux. Conserva la struttura della directory come desideri, quindi vale la pena verificare se questo sarà un problema a lungo termine per te. Sfortunatamente, il supporto .msi su Linux sembra piuttosto scarso, quindi lessmsi o msiexec tramite wine potrebbero essere la tua unica opzione immediata, anche se (come hai detto) wine è una dipendenza piuttosto pesante per l'estrazione di archivi.