Come accennato da Lou, prova mkvmerge in questo modo (da riga di comando):
mkvmerge -o output.webm -w file1.webm + file2.webm
Ricorda che il formato contenitore WebM è un sottoinsieme rigoroso di Matroska, quindi gli strumenti Matroska funzioneranno su file WebM. Prova mkvmerge (fornito con mkvtoolnix) per re-muxare i file senza ricodificarli. Il risultato può essere soddisfacente o meno per i tuoi scopi, ma mkvtoolnix è maturo e con licenza GPLv2 e vale la pena provarlo. C'è anche una GUI mkvmerge.