Ho avuto lo stesso problema (finestra di dialogo bloccata/notebook acer/fluxbox) e ho scoperto che dopo una combinazione casuale di clic e tabulazione, potevo evidenziare vari pulsanti. Questo non ha impedito che si bloccasse, ma sono riuscito ad aprire la pagina della guida di Adobe, che ha un'app flash che aprirà solo il gestore delle impostazioni - questo ha funzionato per me:
http://www.macromedia.com/support/documentation/en/flashplayer/help/settings_manager.html#117118
anche un altro link che ho trovato dopo potrebbe essere utile - ha alcune soluzioni specifiche a cose che potrebbero innescare il problema:
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=978212&page=3
Ho trovato una soluzione:stavo usando google chrome in ubuntu linux e ho installato un'estensione di Chrome chiamata "Flashcontrol". Ora la finestra delle impostazioni di Adobe Flash Player non viene più visualizzata.