Rendi lo script Python combinato con i pacchetti Linux facilmente installabili per l'utente finale

Penso che un buon punto di partenza sia un Dockerfile, in cui si parte da un'immagine Ubuntu e quindi si installano le dipendenze desiderate (samtools, bwa) e anche i pacchetti python (posizionati in un requirements.txt)

• pip freeze > requirements.txt per avere i pacchetti python desiderati (numpy, tqdm ecc.)

• creare un Dockerfile (che risiede nella stessa directory di requirements.txt) ad esempio:

  FROM ubuntu:16.04
  
  RUN apt-get update && \
  apt-get upgrade -y && \
  apt-get install -y python && \
  apt-get install -y wget \
  curl \
  bc \
  unzip \
  less \
  bedtools \
  samtools \
  openjdk-8-jdk \
  tabix \
  bwa\
  python-pip\
  software-properties-common && \
  apt-get -y clean  && \
  apt-get -y autoclean  && \
  apt-get -y autoremove
  
  RUN mkdir -p /usr/src/app
  
  WORKDIR /usr/srv/app
  
  COPY . /usr/srv/app
  
  RUN pip install -r requirements.txt
  
  CMD ["/bin/bash"]
  

• costruisci la tua immagine docker docker built --tag repository/imagename . (DOT è la directory corrente)

• inizia l'immagine docker run -dti --name test repository/imagename
• entra nel contenitore per iniziare a lavorare docker attach test
• come puoi vedere, l'ho testato e all'interno del contenitore ho tutti gli strumenti e i pacchetti desiderati

• Se vuoi aggiungere nuovi strumenti, aggiungili semplicemente nel Dockerfile e se vuoi aggiungere pacchetti Python, espandi semplicemente il file requirements.txt.

• Se hai uno script Python che fa qualcosa e devi includerlo nel contenitore Docker, inseriscilo nella stessa directory con Dockerfile e requirements.txt e aggiorna il Dockerfile (in modo da avere un contenitore che avvii il tuo script Python ), più precisamente nel Dockerfile l'ultima riga sarà CMD [ "python", "./my_script.py" ]

Non andrei fino all'installazione di software su alcuni computer/server perché potrebbe interrompere altri software in esecuzione su quel sistema. Invece, creerei un pacchetto deb e imposterei le dipendenze su quale software deve essere installato per guidare l'utente attraverso l'installazione.

1. Crea la struttura della directory deb
La directory deb contiene gli script/binari finali per il pacchetto. source ha il tuo codice Python.

$ cd $HOME/path/to/some/directory
$ mkdir -p ./deb/DEBIAN ./source
$ touch ./Makefile ./source/Makefile ./deb/DEBIAN/{control,preinst} ./source/hello-world.py
$ chmod +x ./deb/DEBIAN/preinst

2. Aggiungi file
Di seguito ho aggiunto il contenuto di ogni file. Dovresti essere in grado di implementarlo in base alle tue esigenze.

./Makefile :Questo file è responsabile della generazione del sorgente e del deb.

PACKAGE         := hello-world

DEB_DIR         := deb
DEB_FILE        := $(PACKAGE).deb

SOURCE_DIR      := source
SOURCE_IN       := $(SOURCE_DIR)/$(PACKAGE).py
SOURCE_OUT      := $(DEB_DIR)/usr/bin/

.PHONY: all clean
all:
        @make -C $(SOURCE_DIR) CROSS_COMPILE=$(CROSS_COMPILE)
        @mkdir -p $(SOURCE_OUT)
        @cp -r $(SOURCE_IN) $(SOURCE_OUT)
        @chmod -R a-s $(DEB_DIR)
        @dpkg-deb --build $(DEB_DIR) $(DEB_FILE)

clean:
        @rm -rf $(DEB_FILE) $(SOURCE_OUT)
        @make -C $(SOURCE_DIR) clean

./deb/DEBIAN/control :Il file di controllo per il gestore pacchetti di Debian.

Package: hello-world
Version: 1
Section: misc
Priority: optional
Architecture: all
Depends: libc6 (>= 2.24), python (>=2.7.13), virtualenv (>=1.11.6)
Maintainer: Your name <[email protected]>
Description: This is a deb package to install an application

./deb/DEBIAN/preinst :il file in cui è possibile installare i pacchetti Python. Viene eseguito prima dell'installazione di hello-world.py . Ancora una volta, assicurati di non (re)installare/aggiornare semplicemente una libreria. Potrebbe causare problemi di incompatibilità in altri software.

#! /bin/bash
virtualenv -p /usr/bin/python3 venv/
source venv/bin/activate
pip install -r ./requirements.txt

./source/Makefile :Un file che ho usato per testare questa configurazione.

MYFILE=hello-world.py
all:
        @echo "#!/usr/bin/python\n\
        print('Hello world!')" > $(MYFILE)
        @chmod +x $(MYFILE)
clean:
        @rm $(MYFILE)

3. Installazione e rimozione L'installazione è molto semplice, basta usare dpkg .

dpkg -i hello-world.deb # for installation
dpkg -r hello-world     # for removal

Una bella caratteristica da avere è che non devi preoccuparti di controllare la versione del tuo software, poiché è fatto nel control file. Debian ha un buon tutorial se sei interessato a leggere di più.

MODIFICARE:
Aggiunto virtualenv ad esempio. I pacchetti Python dovrebbero essere installati in un ambiente virtuale invece che globalmente.