Ho anche riscontrato un problema simile durante l'esecuzione del comando ffmpeg dallo script PHP. Ho trovato la soluzione eseguendo il seguente comando dal terminale. Sto incollando quel comando qui in modo che qualcuno riceva aiuto da questo.
sudo mv /opt/lampp/lib/libstdc++.so.6 /opt/lampp/lib/libstdc++.so.6.orig
Ora esegui il tuo script php, spero che funzioni.