setfont modifica il carattere nella console VGA (quello che ottieni quando premi CTRL-ALT-F1, ecc.) Non farà nulla nel Terminale.
Normalmente solo l'utente root può accedere al dispositivo della console a cui setfont deve connettersi per modificare il carattere. Questo è il motivo per cui ricevi un messaggio di errore quando lo esegui dal tuo normale account utente. Un'eccezione è quando un utente è connesso alla console VGA... quindi l'utente ha accesso alla console e setfont ha successo.
Il fatto che ricevi il messaggio di errore ogni volta che avvii Terminal, significa che probabilmente hai qualche comando nel tuo .bashrc, .bash_profile, .bash_login, .profile o /etc/profile che viene eseguito ogni volta che avvii un terminale. Potrebbe essere che tu abbia setfont in uno di questi posti? in caso contrario, cerca qualcos'altro che potrebbe accedere alla console.
Risolto errore simile in Ubuntu digitando xdg-open seguito dal nome del file.