Linux tiene traccia di tutti i file a cui si accede per processo?

Prova a farlo come antipasto :

lsof -p <PID>

questo comando elencherà tutti i file aperti, fd, socket...

Per le tue esigenze speciali, guarda cosa posso offrire come soluzione per monitorare uno script php :

php foo.php & _pid=$!
lsof -r1 -p $_pid
kill %1 # if you want to kill php script

Come alternativa migliore, raccomando l'uso di strace :

strace -f -t -e trace=file php foo.php

o per un processo già in esecuzione :

strace -f -t -e trace=file -p <PID>