Posso pensare a due opzioni ragionevoli. Il primo è creare un makefile che compilerà tutto per te. C'era una volta un'utilità chiamata Make It So che lo faceva automaticamente. La loro pagina specifica la compatibilità con Visual Studio 2010, potrebbe funzionare anche con Visual Studio 2012.
Puoi anche usare cmake. È un po' più coinvolgente fare bene, ma il risultato finale sarà la possibilità di compilare il tuo codice più o meno ovunque.
Usa xbuild? Quindi, se installi Mono, hai xbuild che è la versione OSS di msbuild. Puoi semplicemente creare il tuo file .sln con qualcosa come "xbuild solution.sln"