Un paio di possibilità...
- Uno, come pubblicato qui, hai definito entrambe le variabili M2_REPO e M3_REPO.
- Oppure stai affrontando questo problema relativo a maven3 e M2_HOME
- L'altro è che in qualche modo JRE viene utilizzato al posto di JDK quando viene eseguito dal file batch!
Ho riscontrato questo problema quando la mia variabile di ambiente M2_HOME punta a una posizione errata.
Prova a:
$ cd $M2_HOME