Puoi usare objcopy per estrarre il segmento di testo dal file .o o dal file a.out. 
$ cat q.c
f() {}
$ cc -S -O q.c
$ cat q.s
        .file   "q.c"
        .text
.globl f
        .type   f, @function
f:
        pushl   %ebp
        movl    %esp, %ebp
        popl    %ebp
        ret
        .size   f, .-f
        .ident  "GCC: (Ubuntu 4.3.3-5ubuntu4) 4.3.3"
        .section        .note.GNU-stack,"",@progbits
$ cc -c -O q.c
$ objcopy -O binary q.o q.bin
$ od -X q.bin
0000000 5de58955 000000c3
0000005
$ objdump -d q.o
q.o:     file format elf32-i386
Disassembly of section .text:
00000000 <f>:
   0:   55                      push   %ebp
   1:   89 e5                   mov    %esp,%ebp
   3:   5d                      pop    %ebp
   4:   c3                      ret    
 
 Puoi passare le opzioni al linker direttamente con -Wl,<linker option> 
 La relativa documentazione è copiata di seguito dal man gcc 
-Wl,opzione
Passa l'opzione come opzione al linker. Se l'opzione contiene virgole, viene suddivisa in più opzioni in corrispondenza delle virgole. È possibile utilizzare questa sintassi per passare un argomento all'opzione. Ad esempio,-Wl,-Map,output.map passa -Map output.map al linker. Quando usi il linker GNU, puoi anche ottenere lo stesso effetto con -Wl,-Map=output.map.
 Quindi quando compili con gcc se passi -Wl,--oformat=binary genererai un file binario invece del formato elf. Dove --oformat=binary dice ld per generare un file binario.
 Questo elimina la necessità di objcopy separatamente.
 Nota che --oformat=binary può essere espresso come OUTPUT_FORMAT("binary") dall'interno di uno script linker. Se vuoi gestire i file binari flat, c'è una grande possibilità che tu possa trarre vantaggio dall'elevato livello di controllo fornito dagli script del linker.
Prova questo:
$ gcc -c test.c     
$ objcopy -O binary -j .text test.o binfile
 
 Puoi assicurarti che sia corretto con objdump :
$ objdump -d test.o 
test.o:     file format pe-i386
Disassembly of section .text:
00000000 <_f>:
   0:   55                      push   %ebp
   1:   89 e5                   mov    %esp,%ebp
   3:   83 ec 04                sub    $0x4,%esp
   6:   8b 45 08                mov    0x8(%ebp),%eax
   9:   0f af 45 08             imul   0x8(%ebp),%eax
   d:   89 45 fc                mov    %eax,-0x4(%ebp)
  10:   8b 45 fc                mov    -0x4(%ebp),%eax
  13:   83 c0 02                add    $0x2,%eax
  16:   c9                      leave  
  17:   c3                      ret  
 E confrontalo con il file binario:
$ hexdump -C binfile 
00000000  55 89 e5 83 ec 04 8b 45  08 0f af 45 08 89 45 fc  |U......E...E..E.|
00000010  8b 45 fc 83 c0 02 c9 c3                           |.E......|
00000018