Prova:
kill -SIGINT processPIDHere
Fondamentalmente Ctrl C invia il SIGINT (interrupt) segnale mentre kill invia il SIGTERM (terminazione) per impostazione predefinita, a meno che tu non specifichi il segnale da inviare.
Se controlli il processo remoto di lunga durata, puoi installare un gestore di segnale per SIGTERM (vedi man signal e man sigaction e le molte domande SO su questo argomento), per ripulire bene prima di morire.
Questa è una cosa molto comune da fare.
Ecco un esempio per mongod
Per avviare il demone dalla riga di comando:
mongod &
Poi più tardi
kill -SIGINT `pgrep mongod`
ctrl c invia solo un segnale SIGINT, ma ci sono altri segnali un po' più morbidi. http://www.gnu.org/software/libtool/manual/libc/Termination-Signals.html
Penso che tu possa usare il comando kill per inviare qualche altro segnale. (vedi man kill per maggiori informazioni)