featureCounts è un programma di riepilogo della lettura altamente efficiente e accurato.
La sintassi generale del comando è:
featureCounts [options] -a [annotation_file] -o [output_file] input_file1 [input_file2]
Nel caso in cui riscontri un errore di seguito:
featureCounts: command not found
Potrebbe essere necessario installare il pacchetto di lettura secondaria in base alla scelta del sistema operativo:
| Distribuzione | Comando |
|---|---|
| Debian | apt-get install subread |
| Ubuntu | apt-get install subread |
| Kali Linux | apt-get install subread |
| Raspbian | apt-get install subread |
Il pacchetto Subread comprende una suite di programmi software per l'elaborazione dei dati di lettura del sequenziamento di nuova generazione, tra cui:
- Subleggi :un allineatore di lettura per uso generico in grado di allineare letture genomiche di DNA-seq e RNA-seq. Può anche essere utilizzato per scoprire mutazioni genomiche inclusi indel corti e varianti strutturali.
- Subjunc :un allineatore di lettura sviluppato per allineare le letture di RNA-seq e per il rilevamento delle giunzioni esone-esone. Possono essere rilevati anche eventi di fusione genica.
- featureCounts :un programma software sviluppato per contare le letture di caratteristiche genomiche come geni, esoni, promotori e contenitori genomici.
- Sublungo :un allineatore a lettura lunga progettato sulla base di seed-and-vote.
- SNP esatto :un chiamante SNP che scopre gli SNP testando i segnali rispetto ai rumori di fondo locali.